Aplikasi kimia

1.    Aplikasi ChemDraw                                                           

Chem Office merupakan salah satu software yang digunakan untuk membuat struktur kimia dengan mudah. Sofware ini banyak memilki kelebihan untuk mempermudah kita menggambar rumus kimia. Untukmenggambar rumus molekul kimia Chem Office menyertakan Chem Draw dan Chem 3D.

Aplikasi Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa, membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, menghitung rumus molekul dan berat molekul, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

·  Cara Install Aplikasi ChemDraw
Setelah mendownload aplikasi ChemDraw, maka selanjutnya adalah proses installasi. Langkah-langkah untuk menginstall aplikasi Chemdraw ini adalah sebagai berikut:

1)   Ketika proses download telah selesai, cari file cdu1203.dmg (Mac) atau  cdu1202.exe (Windows) dan dobel klik pada file untu mulai menginstall

2)   Pada jendela CambridgeSoft Software Activation masukan informasi yang dibutuhkan dan klik Activate over Internet.

3)   Informasi ini dapat ditemukan di halaman My Downloads yang anda buka sebelumnya.

4)    Pada jendela wizard CambridgeSoft ChemDraw Ultra 12.0 klik Next >

5)    Pada jendela persetujuan lisensi, pilih I accept the terms in this license agreement, dan klik Next >

6)    Pada jendela Select Type, pilih Default setup dan klik Next >

7)    Pada Jendela Select Features, klik Next >

8)   Pada jendela Select Features, pilih MNova NMR Lite dan klik Next >

9)    Pada jendela Ready to Install, klik Install

10)          Pada jendela Installation Complete dan klik Finish

·  Cara Menggunakan Aplikasi Chemdraw

1)   Langkah pertama, bukalah aplikasi ChemDraw, dengan tampilan yang awal muncul seperti berikut :

Di sini kita dapat menggunakan banyak menu khususnya untuk menggakbar suatu senyawa. Pada toolbox sebelah kiri banyak pilihan menu.

2)   Untuk memulai, misal kita ingin mencoba membuat senyawa N-(4-hydroxyphenyl) ethanamide atau yang biasa disebut parasetamol. Caranya pertama yang dilakukan  :pilih “solid bond” pada toolbook sebelah kiri, seperti gambar dibawah ini :

3)   Selanjutnya barulah di gambar membentuk parasetamol, caranya : klik mouse kiri tahan --> geser.  Maka dihasilkan tampilan sebagai berikut :

4)    Jika kita ingin mengganti jenis atom, Karena semua standar penulisan pada  

ChemDraw ini menggunakan atom karbon. Caranya mengganti : double klik pada bagian yang kita inginkan untuk dirubah --> mengisinya dengan senyawa tertentu --> perlu diperhatikan harus menggunakan huruf kapital. Maka dihasilkan tampilan sebagai berikut :

5)   Untuk contoh yang kita buat adalah parasetamol, gambar strukturnya sebagi berikut :

Tidak terlalu sulit untuk menggambarnya bukan ? Hanya kita perlu berusaha.  Gambar di atas merupakan gambar secara 2D.

6)    Jika kita ingin merubahnya menjadi 3D dengan menggunakan toolbox baji hitam.  

Dengan itu kita nantinya akan mendapatkan stereokimia dari senyawa tersebut.

7)          Fasilitas lain yang ada dalam ChemDraw ini adalah simulasi NMR 13C dan  1H. Fasilitas ini dapat ditemukan pada bagian menu file “estimate” urutan kedua dari kanan seperti pada gambar dibawah ini :

8)   Jika kita masih bingung, kita bisa membuka menu help yang terdapat pada    aplikasi ini cukup lengkap.

2.    Aplikasi Avogadro

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

·  Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

a.    Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis

b.    Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.

c.    Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.

d.   Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.

e.    Embedded interpreter Python.

f.     Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.

g.    Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.

h.    Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.

i.      Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.

j.      Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.

k.    Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.

·  Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing dari senyawa yang telah kita rancang. Menginstal Avogadro sangat gampang yaitu silakan hasil downloadan avogadro dibuka lalu klik run kemudian akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

1)   Klik kolom next yang terdapat dibawah dan kotak dialog selanjutnya akan muncul seperti dibawah ini.

2)   Klik “ I agree ” sebagai tanda bahwa anda setuju dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

3)   Klik next dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini

4)   Kotak dialog diatas bertujuan untuk tempat dimana software avogadro ini akan di munculkan.

5)   Software avogadro diatas diletakkan di program file yang berada pada hardisk c dan jika ingin mengganti tempat klik browse dan pilih akan diletakkan dimana software avogadro. Setelah sesuai dengan keinginan maka langsung klik next dan akan muncul kotak dialog dibawah ini.

6)   Kotak dialog diatas menunjukkan bahwa program avogadro sedang proses penginstalan dan tunggu beberapa detik dan akan muncul kotak dialog seperti dibawah ini.

7)   Kotak dialog diatas akan muncul jika proses penginstalan telah selesai. Dan klik finish maka program avogadro telah siap untuk digunakan.

8)   Program Avogadro yang telah di instal di klik jika akan digunakan. Tampilan awal dari Avogadro seperti di bawah ini.

9)   Langsung saja misalnyajika ingin membuat struktutr molekul dari CH3COOH. tinggal klik atom – atom yang akan digunakan pada menu yang ada di sebelah kiri. Dan hasil yang di dapat setelah dibuat struktur molekulnya adalah seperti di bawah ini. Hasil yang ditunjukan pada gambar diatas belum tepat.

10)      Klik Auto Optimization Tools dan kemudian klik start untuk mentepatkan posisi. Pentetapan ditujukan agar dapat mengetahui sudut ikatan dan hasil yang di dapat adalah sebagai berikut.

·      Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini. Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur molekul glukosa dengan avogadro.Untukmemulai aplikasi ini, pertama, tentu kita harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti ditunjukkan pada gambar dibawah ini.

1)   Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool Setting,

kemudian pada kolom Element kita ambil atom karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga

     terbentuk ikatan antar atom.

2)    Apabila atom yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other

     untuk memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan

     dengan meng-klik atom tersebut.

3)   Buat 6 buah atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut :

4)   Selanjutnya pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada

     gambar berikut :

5)   selanjutnya pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :

6)   Dan selesai. jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon, oksigen

     dan hidrogen.

Selanjutnya setelah molekul sudah kita buat, kita juga bisa memanfaatkan toolbar dari aplikasi ini untuk melihat secara lebih detil dari atom yang kita buat dengan penjelasan masing-masing toolbar sebagai berikut :

   fungsi ikon ini adalah untuk membuat molekul serta membuat ikatan diantara atom-atom pada ruang gambar

             fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

            fungsi ikon ini adalah untuk melihat sudut kemiringan molekul secara vertikal dan horisontal

            fungsi ikon ini adalah untukmerotasi desain molekul pada gerakan yang bebas

            fungsi ikon ini adalah untuk menjalankan animasi rotasi ke berbagai arah sesuai           dengan garis arah mouse

            fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

            fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat

  fungsi ikon ini adalah untuk merotasi desain molekul yang kita buat ke beberapa  arah

3.    Aplikasi ChemSketch

ChemSketch adalah software yang digunakan untuk mengambar dan memodelkan struktur kimia seperti software ChemOffice. Software ChemSketch dapat mengambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini sangat mudah digunakan, hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk mengambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa phospor, steroid, terpen, dll. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik.

·      Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.
Berikut langkah-langkahnya : 

Cara menggambar struktur Lewis, yaitu

1)   Buka ChemSketch : Klik Start --> Program --> ACDLabs 12 --> ChemSketch

2)   Klik F5 atau klik menu Template --> Template Windows

               

3)   Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan cara : meng-klik-nya dan

     kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya kita pilih struktur Lewis

     dari CH4.

4)   Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa

     Dikopi

5)   Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit ->

     Copy

6)   Buka pengolah kata yang biasa  dipakai.

7)   Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis

     kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit --> Paste pada pengolah kata tadi.

8)   Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.

·  Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch? Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada. Caranya :

1)   Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau

     aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah

     menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa

     template yang tersedia (seperti dot dll). 

2)   Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan

     pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk

     mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan

     dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.

3)    Setelah selesai pada menu Templates klikSAVE User Template…

4)   Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada

     folder tertentu.

5)   Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template

     windows.

Sumber :

http://nvarantika.blogchem.com/2016/01/14/tutorial-menggunakan-aplikasi-kimia-chemdraw/

http://catatankimiasitinurhaeni.blogspot.co.id/2014/11/aplikasi-chemdraw-permudah-untuk.html

http://nurmaliaazmi16.blogspot.co.id/2014/11/tutorial-software-avogadro.html

http://catatankimiasitinurhaeni.blogspot.co.id/2014/12/penggunaan-chemsketch-untuk-menggambar.html